La absorción de nitrógeno (N) en la rizosfera es un proceso llevado a cabo por el transporte activo de la raíz, así como por la actividad enzimática realizada por una gran variedad de microorganismos. Garantizando una correcta metabolización del N, el rendimiento del cultivo se potencia. Sin embargo, en cultivos orgánicos, el porcentaje del rendimiento del cultivo disminuye entre un 15 y 20%, en comparación con un cultivo convencional. Esto debido, principalmente, a la nutrición orgánica implementada en este sistema, la cual impacta en la disponibilidad de N en el sustrato de crecimiento y raíz. Representando de esta forma, un reto metabólico para el sistema orgánico. El objetivo de este trabajo fue comparar y analizar la actividad metabólica y enzimática relacionada con el ciclo del N en tomate cv. ‘Merlice’ de producción hidropónica orgánica y convencional. Muestras de agua del sistema de riego, sustrato y raíz de ambos sistemas fueron tomadas en las semanas 4, 8, 22 y 41 del ciclo de cultivo. Se analizó la composición de la solución nutritiva, los contenidos de NO-3, NO-2, NH+4 y actividades de las enzimas NR, NiR, GS y PRT. Además, se analizó el crecimiento de las plantas durante el ciclo de los cultivos. Los resultados de la solución nutritiva, así como de sustrato y raíz indicaron un efecto significativo (p≤0.005) del sistema de cultivo. Se evidenció mediante la solución nutritiva un mayor aporte de NO-3 (15%) y NH+4 (70%) en sistema orgánico. En sustrato del sistema orgánico el contenido de NO-3 disminuyó en un 12%, indicando una posible absorción por las raíces. En donde se encontró un contenido del 30% mayor en raíz orgánica. El contenido de NO-2 y NH+4 en raíz se evidenció incrementado en un 32% y 13%, respectivamente. Esta disponibilidad de N en raíz impactó en la actividad de la NR en raíz del sistema orgánico, registrándose una actividad 50% mayor. Dicha metabolización de N evidenciada en el sistema orgánico impactó en un mayor desarrollo vegetativo de las plantas cultivadas en sistema orgánico. Estos resultados señalan la necesidad de optimizar los sistemas de cultivo hidropónico convencional y orgánico.