En el estado de Querétaro se encuentran zonas favorables para el cultivo del manzano. Al no cumplir estándares para una buena comercialización en fresco, se plantea la alternativa de elaborar sidra, siendo ésta objeto de estudios anteriores que han permitido obtener cepas seleccionadas de levaduras nativas. Sin embargo, se desconoce la presencia de manera espontánea y el efecto que pudieran tener bacterias ácido lácticas (BAL) seleccionadas en esta bebida. El objetivo de este trabajo fue aislar y seleccionar BAL con base en la tolerancia al medio fermentativo, compatibilidad con levaduras seleccionadas e incapacidad para sintetizar aminas biogénicas (AB) para la elaboración de sidras tranquilas en Querétaro. Para lo cual, se indujo la fermentación espontánea del mosto de 3 variedades de manzana (‘Golden delicious’, ‘Red delicious’ y ‘428’), durante las cuales se obtuvieron 120 cepas, que fueron diferenciadas mediante pruebas de catalasa y tinción Gram, encontrando únicamente 5 catalogadas como BAL. Por ello, se incluyeron en el estudio 84 cepas aisladas de ambientes enológicos. De las 89 BAL sometidas a pruebas de selección, 86 fueron capaces de desarrollar con 8% de etanol y 50 mg/L de SO2 y únicamente 6 de estas cepas (VC32, 18, CU15, VC69, FE145 y VA2), mostraron el mayor desarrollo (DO600) al utilizar el medio producido por las levaduras nativas MM7 y RY5 como su medio de cultivo. Ninguna de estas 6 cepas demostró capacidad de sintetizar AB. Dos de ellas FE145 y VA2 fueron las que obtuvieron una mayor eficiencia fermentativa y las que se emplearon para ser inoculadas en el proceso de elaboración de sidra tranquila. Finalmente, la evaluación sensorial de estas sidras, marcó una notable preferencia hacia las sidras inoculadas con estas cepas, demostrando así la influencia positiva de la fermentación maloláctica (FML) en la elaboración de esta bebida fermentada.