Se ha demostrado que los métodos cultivo-dependientes causan un aislamiento preferencial de serotipos de S. enterica generando con esto información epidemiológica errónea. Por lo que el objetivo del presente trabajo fue identificar una determinante genética asociada a serotipos, que tenga el potencial para ser utilizada en un método molecular cultivo-independiente que permita identificar la diversidad de serotipos de S. enterica. De los 45 genes evaluados, srfC mostró ser específico del género Salmonella y con el mejor poder discriminatorio mediante el análisis bioinformático. La validación bioinformática y por PCR más secuenciación de cepas de referencia, mostraron una identificación del 100% de los serotipos evaluados. Este método se utilizó para identificar los serotipos de 210 aislamientos de Salmonella obtenidos de un muestreo temporal (2016 – 2018) de carne de pollo en punto de venta de supermercados y mercados públicos (N = 1160). Se identificaron 22 serotipos distintos circulando en carne de pollo, de los cuales Enteritidis, Infantis y Anatum fueron los más prevalentes (65%, 31% y 19%, respectivamente). A pesar de que la diversidad de serotipos fue similar entre los supermercados (20) y mercados públicos (17), la prevalencia de S. enterica fue mayor (27.2%, p < 0.0001) en supermercados, siendo hasta 10.5 veces más probable (P < 0.05) recuperar este patógeno en este tipo de expendios. Para soportar la idea sobre la pérdida de diversidad que existe utilizando un método convencional, se realizó un análisis cultivo-dependiente variando temperaturas de incubación de los caldos de enriquecimiento Rappaport y Tetrationato (18h, 24h, 48h y 72h) y utilizando tres agares selectivos. Se analizaron 12 piezas de pollo de cuatro supermercados, cada muestra por duplicado. La prevalencia fue del 100%. Se identificaron 5 serotipos (Enteritidis, Infantis, Braenderup, Agona y Anatum) en los 210 aislamientos obtenidos. En el 50% de las muestras estaban co-ocurriendo al menos 2 serotipos. Se observó un aislamiento preferencial de serotipos dependiendo del caldo de enriquecimiento utilizado, tiempo de incubación o agar selectivo utilizado (P < 0.05). Estos resultados muestran que el gen srfC es capaz de diferenciar los serotipos de S. enterica prevalentes en matrices alimentarias, por lo que puede ser utilizado en métodos moleculares cultivo-independientes para determinar la diversidad de serotipos presente directamente de la muestra.