La transición a la vida universitaria se asocia con cambios en los patrones de sueño y en la conducta alimentaria que podrían contribuir al desarrollo temprano de alteraciones cardiometabólicas. El objetivo de este estudio fue evaluar la asociación entre alimentación emocional, alteraciones del sueño y riesgo metabólico en estudiantes de nuevo ingreso a la Universidad Autónoma de Querétaro. Se realizó un estudio observacional transversal en 1530 estudiantes (49.7% hombres y 50.3% mujeres), con edad media de 19 ± 1.5 años. Se aplicaron cuestionarios de alimentación emocional y sueño. Además, se construyó un puntaje compuesto de riesgo metabólico (0–10) a partir de variables antropométricas, de composición corporal y bioquímicas. La prevalencia de alimentación emocional fue de 42.3%, con mayor frecuencia en mujeres. Solo 24% de los estudiantes presentó un patrón de sueño adecuado. La deuda de sueño promedio fue de 6 ± 4 horas y 82% reportó una deuda mayor a 2 horas. El puntaje de alimentación emocional se asoció positivamente con IMC (r = 0.27, p < 0.001), porcentaje de grasa corporal (r = 0.33, p < 0.001), deuda de sueño (r = 0.18, p < 0.001) y con el puntaje total de riesgo metabólico (r = 0.23, p < 0.001). Los estudiantes con alimentación emocional y alteraciones del sueño presentaron mayores valores de IMC (26 ± 5 kg/m²), circunferencia de cintura (87 ± 13 cm) y grasa visceral (2.7 ± 1.2), así como menores concentraciones de HDL (36 ± 9 mg/dL) y mayor índice aterogénico (4.1 ± 1.3) (p < 0.001). En conclusión, la alimentación emocional se asocia con mayor adiposidad y carga de riesgo metabólico en adultos jóvenes, relación que se acentúa cuando coexiste con alteraciones del sueño. Aunque el diseño transversal no permite establecer causalidad, los resultados sugieren que la interacción entre estos factores conductuales podría contribuir al desarrollo temprano de riesgo cardiometabólico en población universitaria.