El establecimiento de la microbiota intestinal es de suma importancia para la nutrición y salud del huésped, en particular las especies del género Lactobacilli que producen metabolitos que facilitan la digestión y absorción de nutrientes, promueven el desarrollo del sistema inmune y la mucosa intestinal. Por estas razones, en los últimos años se ha incrementado el interés por desarrollar cultivos probióticos a base de Lactobacilli y evaluar su impacto sobre la fisiología intestinal de mamíferos y aves. Basado en esta premisa, el objetivo fue identificar las especies de Lactobacilli, con potencial probiótico y prevalentes en el intestino, para desarrollar ensayos de PCR enfocados a su detección y cuantificación. Para cumplir esta meta, se realizaron estudios bioinformáticos para identificar la prevalencia, abundancia y potencial probiótico de especies de Lactobacilli. El presente trabajo reveló que la familia Lactobacillaceae es uno de los miembros más abundantes (45% - 20%) de la microbiota intestinal, de pollos, bovinos y humanos. Además, se identificó que L. plantarum, L. salivarius, L. brevis, L. reuteri, L. delbrueckii, L. acidophilus y L. fermentum son especies de Lactobacilli más abundantes (6% al1 6%) en el intestino de humanos, bovinos, cerdos y pollos. En análisis exhaustivo de la literatura reveló que L. plantarum, L. reuteri y L. salivarius son de las principales especies de Lactobacilli con potencial probiótico. Por tal motivo se desarrollaron e implementaron ensayos de PCR cuantitativa (qPCR) enfocados a la detección y cuantificación de estos grupos bacterianos. La implementación de estos ensayos reveló que L. reuteri y L. salivarius son las especies más prevalentes en el intestino de bovinos, cerdos y pollos con abundancias relativas que varían entre 4 – 11 UFC log10/g; en contraste, el presente estudio reveló que L. plantarum no fue una especie prevalente en las muestras de bovino, cerdo y pollo analizadas. Estos ensayos moleculares podrían ser implementados como una herramienta microbiológica para estimar el nivel de colonización y proliferación de cultivos probióticos y su impacto en la fisiología intestinal.