El aumento en la resistencia a los antibióticos observados entre los miembros de la familia Enterobacteriaceae de importancia clínica como Salmonella enterica, ha propiciado la reincorporación de antimicrobianos en desuso como la colistina, antibiótico de última línea de defensa ante bacterias multirresistentes; sin embargo, el uso desmedido de este antibiótico como promotor de crecimiento en la industria animal ha favorecido el desarrollo de bacterias resistentes a la colistina. En el año 2016, se reportó por primera vez un gen de transmisión horizontal mediado por plásmidos denominado mcr-1, el cual codifica una fosfoetanolamina transferasa qué confiere resistencia a la colistina. Desde entonces, se han reportado 10 diferentes variantes del gen mcr alrededor del mundo (mcr-1 a mcr-10), lo que representa un importante problema de salud pública. En este trabajo se desarrolló de un protocolo de 3 PCR dúplex, capaz de detectar las seis variantes más prevalentes del gen mcr, reportados en S. enterica (mcr-1, 2, 3, 4, 5 y 9). Esta herramienta se implementó para evaluar la prevalencia y diversidad del gen mcr en 88 aislamientos de S. enterica pertenecientes al programa de monitoreo permanente de S. enterica con potencial zoonótico del Laboratorio de Microbiología Molecular de la Facultad de Química de la Universidad Autónoma de Querétaro de muestras de productos avícolas, además de implementar ensayos para la detección de la expresión fenotípica a través de ensayos de microdilución en caldo, donde la CMI más alta fue de 2 µg/ml en 12/88 de las cepas, representada en un 91.6% por el serotipo enteritidis. Ninguna de las cepas de S. enterica fue positiva para la presencia del gen mcr. El establecimiento de esta estrategia permitirá el monitoreo de S. enterica resistente a colistina en muestras ambientales, zoonóticas y clínicas.