Aunque los conos de gutapercha se fabrican en condiciones asépticas, una vez expuestos al entorno del consultorio dental o al manipularlos pueden contaminarse con una variedad de microorganismos. Estudios han revelado la presencia de microorganismos en el 5-19% de los paquetes de gutapercha recién abiertos. Los conos de gutapercha no pueden esterilizarse mediante uso de calor húmedo o seco ya que pueden tener alteraciones. Por lo tanto, se debe realizar una descontaminación utilizando un agente químico en la práctica de endodoncia de rutina para eliminar los microorganismos.