México ha vivido un proceso de transformaciones profundas en los que hemos visto desde independencia, revolución, hasta una etapa de institucionalización que se encuentra en proceso de consolidación. Este fortalecimiento institucional está obligado a dar respuesta a una de las problemáticas más añejas del país, que es la corrupción. A lo largo de este análisis se hizo un recorrido sobre el marco conceptual y los antecedentes históricos que giran alrededor de la corrupción, los enfoques con los que se ha atacado en México y el mundo; la construcción del sistema de fiscalización en el país y se enfocó la atención a los esfuerzos que desde la clase política y la incidencia de la sociedad civil han logrado para la creación de un sistema de fiscalización en las entidades. Posteriormente el enfoque del análisis se realiza sobre la estructura, atribuciones y funcionamiento de la Entidad Superior de Fiscalización en el Estado de Querétaro y la reciente creación del Sistema Nacional Anticorrupción con el cual se implementan modificaciones a la Fiscalía General del Estado, instaurando una rama técnica a la que nombran Fiscalía Especializada en el Combate a la Corrupción, la cual está encargada de investigar y perseguir los delitos previstos en las disposiciones legales aplicables en materia de corrupción. Pero derivado del análisis realizado a la estructura y marco legal del organismo, se encuentran deficiencias que impiden el óptimo desarrollo para actuar eficazmente en el combate a la corrupción. La principal, es la falta de autonomía técnica y operativa para la investigación y judicialización de los actos cometidos por los servidores públicos, tiene atribuciones ambiguas y existe duplicidad de funciones entre la Entidad y la Fiscalía. Por esa razón es que se genera la propuesta de transformar la primera, atrayendo la estructura y facultades coercitivas de la segunda y crear de esta manera la Fiscalía Superior Anticorrupción.