La programación de semáforos en las ciudades es una herramienta útil para mitigar los impactos en los tiempos de recorrido sobre las redes urbanas, en la seguridad vial y en el medio ambiente. En la actualidad la mayoría de los sistemas de semáforos se planean a partir de aforos de flujo fijos, sin considerar la respuesta que los usuarios tienen ante los cambios en la programación misma de estos semáforos, lo cual modifica los supuestos iniciales con los que se realiza la programación. En este trabajo se considera el problema de optimizar la programación, considerando como parámetros los tiempos de verde y la duración del ciclo de cada semáforo, sobre una red urbana, mostrando la forma en que la optimización puede anticipar el impacto en los patrones del tránsito vehicular debidos a los decisiones de ruta de cada uno de los usuarios de la red vial. Esto se logra incluyendo un modelo de equilibrio Wardropiano en la red, en el cual cada usuario busca su mejor ruta, como una de las restricciones del problema de optimización. El método heurístico denominado Algoritmos Genéticos es propuesto como método de solución a este problema, utilizando el tiempo total de viaje a través de la red como la función a optimizar, basado en los flujos de equilibrio que se generan para las diferentes programaciones de los semáforos. El procedimiento es aplicado en un caso de estudio en la ciudad de Querétaro. El comportamiento de los algoritmos es analizado con respecto a los parámetros del método de Algoritmos Genéticos.