Como cualquier industria, la agricultura está expuesta a diversas problemáticas que afectan de manera importante su sostenibilidad. Una de las problemáticas más serias en la industria agrícola es la presencia de organismos fitopatógenos, los cuales pueden repercutir severamente en la economía de los productores y consumidores. El control químico de estos organismos trae consigo una serie de problemas a la salud, afectaciones al ambiente y eventualmente la selección de cepas resistentes a fungicidas. Los hongos del género Trichoderma spp. han sido reconocidos como agentes de control biológico de distintos organismos fitopatógenos, entre los que resaltan una gran diversidad de hongos, incluido Fusarium oxysporum. A través de distintos mecanismos, Trichoderma es capaz de inhibir el desarrollo de hongos fitopatógenos, disminuyendo la incidencia de estos en cultivos agrícolas. En el presente trabajo se aislaron cepas de Trichoderma spp. de distintas regiones del estado de Querétaro. Las cepas aisladas se confrontaron en ensayos de antibiosis y de micoparasitismo contra Fusarium oxysporum; así mismo, las cepas aisladas fueron identificadas mediante un análisis filogenético del gen ribosomal ADNr5.8S. En total se aislaron 51 cepas de Trichoderma, de las cuales la gran mayoría tuvo una importante actividad antagónica contra F. oxysporum, ya sea a través del micoparasitismo o la secreción de metabolitos secundarios volátiles o no volátiles. La antibiosis por metabolitos volátiles fue más efectiva que la antibiosis por metabolitos no volátiles. Así mismo, fueron identificadas 28 aislados de Trichoderma spp., entre los que se encuentran especies de T. koningiopsis, T. gamsii, T. atroviride, T. tomentosum, T. saturnisporium, T. harzianum, T. asperellum, y una cepa cuya especie no pudo ser determinada en su totalidad, aunque se agrupo dentro del cluster Longibrachiatum. Estos datos sugieren que algunas cepas aisladas, como la AD3, o una formulación sinérgica entre cepas y/o especies, son capaces de actuar como agentes de control biológico contra F. oxysporum y probablemente contra otros hongos fitopatógenos.