El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de aplicaciones foliares de peróxido de hidrógeno (H2O2) en la actividad antimicrobiana de extractos metanólicos de chile habanero (Capsicum chinense), contra distintos tipos de bacterias de importancia médica. El tratamiento consistió en asperjar quincenalmente hasta el punto de rocío, una solución de peróxido de hidrógeno a una concentración de 18 miliMolar (mM), las plantas de chile habanero, desde su transplante hasta el día de la cosecha de los frutos, los cuales fueron usados para la elaboración de los extractos metanólicos. Posteriormente se cuantifico la concentración de compuestos bioactivos (fenoles totales, flavonoides y capsaicinoides) así como la actividad antimicrobiana por el método de difusión en discos contra las bacterias patógenas Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Escherichia coli (ATCC 51813), Streptococcus mutans (ATCC 25175), Salmonella Thompson (ATCC 14028), Listeria monocytogenes Scot A., Streptococcus faecalis y Candida albicans. Los resultados obtenidos muestran un aumento en el contenido de flavonoides, fenoles totales y capsaicinoides en los chiles habaneros bajo tratamiento, comparándolos con el control. De la misma forma, la actividad antimicrobiana in vitro de los extractos bajo tratamiento de peróxido de hidrógeno, contra las bacterias gram-positivas y gram-negativas, muestran claramente una actividad antimicrobiana mejorada para todas las bacterias, comparado con el extracto del control. En conclusión el presente estudio confirma que el tratamiento foliar de peróxido de hidrógeno aumenta la síntesis de metabolitos secundarios y con ello la actividad antimicrobiana de los frutos de chile habanero.