En la actualidad, se encuentran suelos agrícolas con diferente nivel de deterioro tanto en la rizosfera como en el suelo mismo, y este nivel depende de la intensidad, frecuencia y duración de la aplicación de fertilizantes químicos, incrementando la necesidad de emplear alternativas a la fertilización química. La fertilización biorracional aplicada en Cucumis Sativus L (pepino) aporta además de los nutrientes necesarios para su desarrollo, un incremento de metabolitos secundarios en la planta. Se utilizó un diseño experimental de bloques al azar, donde se busca determinar la cantidad de metabolitos producidos en la planta respecto al tipo de fertilización utilizada, los tratamientos a utilizar fueron diversas combinaciones de regímenes de fertilización entre rhizobacterias, fertilización química, humus de lombriz y un lavado de suelo de un campo experimental. Las variables de respuesta que se determinaron fueron la cantidad de fenoles totales, cantidad de flavonoides totales y la capacidad antioxidante. El objetivo del trabajo, fue determinar si una fertilización biorracional, puede incrementar estas variables de respuesta respecto a una fertilización química convencional. El tratamiento denominado biorracional1 fue el que obtuvo una mayor cantidad de fenoles y una mayor capacidad antioxidante, mientras que la cantidad de flavonoides totales no se encontró una diferencia significativa entre los diferentes tratamiento. De esta manera se determina que la aplicación de una fertilización de tipo biorracional aumenta la cantidad de metabolitos secundarios en la planta de pepino.