Los estudios de ecología microbiana en plantas, han demostrado que existe una comunidad compleja de microorganismos asociada naturalmente en la superficie de los frutos. Algunos de estos microorganismos tienen la capacidad de antagonizar fitopatógenos. El objetivo del presente trabajo fue determinar la composición, dinámica, estructura y actividad antagonista de las poblaciones microbianas asociadas al fruto durante su desarrollo en tres variedades de manzano ‘Joya’, ‘Royal Gala’ y ‘Golden Delicious’. Se emplearon métodos dependientes de cultivo y secuenciación masiva de amplicones para conocer las poblaciones microbianas; HPLC para identificar los compuestos presentes en exudados del fruto y ensayos in vitro e in vivo para identificar y caracterizar cepas aisladas y seleccionadas por su actividad antagónica contra Penicillium expansum. Las poblaciones microbianas presentes a lo largo del desarrollo del fruto exhiben cambios en densidad, riqueza y diversidad (p<0.05), siendo mayor en la etapa de amarre de fruto (2.025 logUFC, 1.967 H’, 0.333 riqueza por cm2) y menor en los frutos maduros (0.086 logUFC, 0.032 H’, 0.006 riqueza por cm2). Bacillus y Aureobasidium fueron los géneros dominantes en los dos años de muestreo en las tres variedades. La diversidad en las poblaciones de bacterias asociadas a la variedad ‘Joya’ fue mayor (1.7 H’) que las de la variedad ‘Golden Delicious’ (0.77 H’) en frutos maduros (p<0.05), no siendo así para las poblaciones fúngicas. El análisis de PERMANOVA reveló que la concentración de los compuestos encontrados en los exudados dependían tanto de la variedad como de la etapa de desarrollo (R2=0.53 y R2=0.17, P<0.001). Algunos compuestos muestran influencia sobre la composición de las poblaciones bacterianas (tirosina, prolina, el ác. 4-hidroxibenzoico y el ác. 3,4-dihidroxibenzoico) y sobre las poblaciones fúngicas (ác. málico, el manitol, el glutamato, el ác. 3,4-dihidroxibenzoico y ác. vanilico). Existen bacterias a lo largo del desarrollo del fruto capaces de inhibir el crecimiento de P. expansum. Las cepas con mayor actividad antagonista en fruto fueron B. subtilis subsp. spizizenii M24 (66.9 %PRPF) y Pantoea sp. M18 (40.2% PRPF), encontradas en los frutos maduros y con capacidad de producción de sideróforos y lipopeptidos. En conclusión, se evidenció la dinámica de las poblaciones microbianas durante la maduración de manzanas, en donde donde el fruto provee compuestos que son utilizados por la microbiota y propiciar la proliferación de aquellos capaces de limitar el desarrollo de hongos patógenos de la manzana en etapa poscosecha.