Introducción: El éxito de la terapia endodóntica se basa en el sellado tridimensional del sistema de conductos radiculares, en la actualidad se proponen nuevas técnicas de obturación para conseguir sellado tridimensional, entre las cuales se propone la obturación con cementos selladores biocerámicos con y sin empleo de gutapercha. Objetivo: Determinar el tiempo en que ocurre microfiltración bacteriana en conductos radiculares obturados con cemento sellador biocerámico, BioRoot RCS y MTA Fillapex con y sin gutapercha. Material y métodos: Estudio experimental In vitro, se utilizaron 80 primeros y segundos premolares unirradiculares extraídos por indicación ortodóncica o periodontal divididos aleatoriamente en 4 grupos experimentales de 16 premolares y 2 grupos de 8 premolares para control positivo y negativo, según la obturación asignada, los grupos fueron; Grupo 1: Obturación con técnica de cono único con MTA Fillapex; Grupo 2: Obturación con técnica de cono único con BioRoot RCS con gutapercha; Grupo 3: Obturación con cemento sellador MTA Fillapex sin gutapercha; Grupo 4: Obturación con cemento sellador BioRoot RCS sin gutapercha; Grupo control positivo: Sin obturar; Grupo control negativo: Ah Plus, gutapercha termoplastificada. Cada muestra se colocó en un dispositivo de doble cámara para la evaluación de microfiltración microbiana ocurrida a través del conducto radicular. Análisis estadístico para comparación del tiempo promedio de filtración entre los grupos experimentales: Tukey post Hoc Dunne´s y para la frecuencia de muestras filtradas: prueba de Chi2. Resultados: En la comparación del tiempo promedio de filtración en los grupos experimentales y controles se observó diferencia estadísticamente significativa entre los grupos 3 y 4, 4 y 6, así como en los grupos 2 y 4 con respecto al grupo control positivo (p < 0.0001). Del grupo 1 filtró el 81.2% de las muestras, del grupo 2; 50%, del grupo 3; 87.5% y del grupo 4; 37.5% (p < 0.0001). Conclusiones: Ambos cementos selladores fueron estadísticamente similares al ser empleados en técnica de cono único, mientras que, al ser utilizados para obturar la totalidad del conducto radicular sin gutapercha, el cemento sellador BioRoot RCS presentó mayor resistencia a la microfiltración bacteriana que el MTA Fillapex. Palabras clave: Sellado tridimensional; obturación, microfiltración