La soya es una fuente de proteína utilizada en la alimentación de animales y humanos, debido a que contiene aminoácidos esenciales de gran valor nutricional. Sin embargo, la soya contiene factores anti nutricios que inhiben la asimilación de nutrientes, por lo que puede llegar a ocasionar daños en la fisiología del huésped. No obstante existe poca información sobre el efecto que tiene en la microbiota intestinal. El presente trabajo tuvo como finalidad evaluar el efecto de la inclusión de la pasta de soya sobre la microbiota intestinal en ratas Sprague Dawley. En el cual se utilizaron 24 ratas macho de 4 semanas de edad, para ser divididos en dos grupos; grupo control al que se administro solución salina y grupo tratado con dosis ajustada de (0,17g/kg) de pasta de soya, ambos por vía intragástrica y se mantuvieron durante 14 semanas con un periodo de recuperación de 2 semanas. Se observó que el extracto de pasta de soya provocó cambio en el peso y longitud de los intestinos, en diferentes tiempos de administración, comparados con el control. Los cambios del perfil bacteriano fueron dependientes de la edad de las ratas evaluadas.