La presente investigación explora la integración de la dimensión afectiva en el diseño instruccional en la educación superior virtual, proponiendo una forma de medir la percepción emocional como un criterio basado en la evidencia para seleccionar técnicas didácticas. A partir de la problemática identificada en torno a la subestimación del impacto emocional en el aprendizaje de los estudiantes universitarios durante la transición de un entorno presencial a virtual, se implementó una intervención pedagógica en asignaturas teórico-prácticas de la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEMex) impartidas en modalidad virtual. El objetivo de esta investigación fue evaluar el efecto de un diseño instruccional con enfoque neuroeducativo, basado en ocho técnicas didácticas específicas, sobre el rendimiento académico, la autovaloración de estrategias de aprendizaje y la orientación motivacional, y la percepción emocional de estudiantes universitarios en materias teórico-prácticas. Para ello, mediante un diseño cuasiexperimental se contrastó un modelo que integra la estructura sistémica de Gagné-Briggs con un enfoque neuroeducativo centrado en la emoción frente a un grupo de control. Se utilizaron instrumentos cuantitativos como el cuestionario EDAOM para medir la autovaloración de estrategias de aprendizaje y orientación motivacional, así como un Medidor Emocional para registrar la respuesta afectiva a ocho técnicas didácticas consideradas en el modelo propuesto. Los resultados demuestran que la intervención no solo mejora significativamente el rendimiento académico y la autopercepción del aprendizaje, sino que también valida una correlación positiva entre las emociones favorables y el éxito académico. La principal contribución de esta investigación es la caracterización del perfil emocional de cada técnica didáctica aplicada, lo que permite proponer un modelo metodológico donde la respuesta emocional del estudiante se convierte en una herramienta diagnóstica para construir experiencias de aprendizaje virtuales más eficaces, humanizantes y por supuesto motivadoras.