El crecimiento constante de la población mundial ha provocado un incremento en la demanda de alimentos en fresco, que se pierden por contaminación con hongos, entre otras causas, mientras que los recubrimientos activos pueden extender la vida útil de dichos alimentos. La quercetina presenta un potente efecto bacteriostático y antifúngico, asociado a su influencia sobre la mitocondria. El objetivo de este trabajo fue elucidar el mecanismo molecular de citotoxicidad de la quercetina, para potenciar y dirigir su efecto antifúngico en un recubrimiento comestible para alimentos en fresco. Se estudió el mecanismo de acción de la quercetina en el modelo de estudio Saccharomyces cerevisiae, evaluando la viabilidad celular, respiración mitocondrial, potencial de membrana, relación ADP/ATP y generación de especies reactivas de oxígeno. Finalmente, se formuló un recubrimiento a base de quitosano y almidón oxidado adicionado con quercetina y se evaluó su efecto antifúngico frente Colletotricum gloeosporioides. La quercetina redujo el crecimiento de S. cerevisiae, donde el factor de cambio del crecimiento específico por la quercetina suplementada y la concentración de glucosa tuvieron una correlación positiva (0.1 µM quercetina, r= 0.907; 10 µM quercetina, r= 0.927). La suplementación de quercetina redujo la actividad del complejo IV en 66.98 % (0.1 µM de quercetina) y 79.97 % (100 µM de quercetina), relativo al control. Además, el potencial de membrana mitocondrial disminuyó (cociente de fluorescencia roja/verde) de 3.58±0.56 (control) a 1.90±0.60 y 1.44±0.23 con la suplementación de 0.1 µM y 100 µM de quercetina, respectivamente. También ocasionó la acumulación de anión superóxido (unidades de fluorescencia relativas) de 1.04±0.66 (control) a 4.56±1.74 (0.1 µM de quercetina) y 7.97±0.72 (100 µM de quercetina). Se concluye que la suplementación de quercetina disminuyó el crecimiento celular, reduciendo la respiración mitocondrial, la actividad de los complejos II y III, la generación de ATP y aumentando la generación de anión superóxido; sugiriendo como sitio de acción a la fosa de ubiquinonas y/o citocromo c. El recubrimiento comestible [quitosano 1%, almidón oxidado 4%] suplementado con quercetina (40-200 µM), no presentó un efecto antifúngico contra C. gloeosporioides, sugiriendo un mecanismo de resistencia.