En este trabajo se realiza una descripción de las distintas incorporaciones del pensamiento complejo en algunas disciplinas de las ciencias médicas, las cuales de manera gradual han requerido de nuevos enfoques para repensar sus objetos de estudio ante las cambiantes condiciones de la realidad actual. En particular se mencionan aspectos de la Epidemiología y de la Medicina Clínica, las cuales requieren reformular sus bases epistémicas y avanzar en el proceso de adquisición de nuevo conocimiento aprovechando los fundamentos teóricos de las categorías de interdisciplina y pensamiento complejo.