RESUMEN Las bacterias de Bacillus asociadas a semillas de algunas hortalizas de importancia económica han sido de particular interés debido a sus diversas funciones ecológicas como la capacidad de modular el desarrollo de la planta, resistencia a factores abióticos y bióticos, y producción de compuestos antifúngicos. Sin embargo, los estudios sobre la caracterización de bacterias en semillas de Capsicum ha sido limitado. El objetivo de este trabajo fue obtener aislados de Bacillus en semillas de Capsicum spp. y evaluar su actividad antifúngica mediante la producción de compuestos orgánicos volátiles (COV). Se obtuvieron setenta y seis aislados y dos de ellos exhibieron mayor efecto inhibitorio micelial mediante un ensayo de doble placa. El aislado CH05 demostró inhibición micelial contra Sclerotinia sp. (90.83%), Rhizoctonia solani (79.58%) y Alternaria alternata (75.46%), mientras que CH13 inhibió a Sclerotinia sp. (91.25%), Rhizoctonia solani (80.83%) y Sclerotium rolfsii (71.25%). Basado en una caracterización genómica, los aislados se identificaron como Bacillus altitudinis CH05 y Bacillus tropicus CH13 por BV-BRC. El tamaño del genoma de B. altitudinis CH05 fue de 3. 69 Mbp, con un contenido GC promedio de 41.25% y 40 genes de resistencia a antibióticos. B. tropicus CH13, el tamaño de su genoma fue de 5, 28 Mbp, contenido GC promedio de 35.24%, 48 genes de resistencia a antibióticos e incluyendo genes de virulencia. El análisis de HC-SPME-SM-CG detectó algunos compuestos mayoritarios producidos por ambas cepas; 2,5-dimetilpirazina, acetoína, 2,3-butanodiona, ácido nonanoico y 1-butanol, entre otros. Los hallazgos en esta investigación, prueban que las bacterias asociadas a semillas de Capsicum, tienen potencial para inhibir el crecimiento de hongos patógenos mediante la producción de COV y su posible aplicación dentro del sector agrícola como agentes de biocontrol.