El chile molido alberga una gran diversidad de bacterias, por tal motivo ha surgido un gran interés por investigar la presencia de bacterias patógenas que podrían propagarse a través de este producto, representando así un riesgo para la salud pública y el ambiente. La evaluación de la diversidad bacteriana, la detección de fitopatógenos e identificación de genes de resistencia antibiótica y virulencia es esencial para lograr un control efectivo. En este sentido, se evaluó la diversidad bacteriana en 15 muestras de chile molido de diferentes regiones geográficas de México, así como la detección de genes de resistencia antibiótica. Las familias bacterianas más representativas en las muestras fueron Bacillaceae y Enterobacteriaceae, en las cuales se detectaron 18 especies potencialmente asociadas a patógenos. En total, el perfil de resistoma del chile en polvo contenía 68 genes únicos, que conferían resistencia a los antibióticos distribuidos en 13 clases diferentes. Posteriormente, se aislaron 420 bacterias y se evaluó su capacidad infectiva en frutos y plantas de chile (Capsicum annuum L.) y jitomate (Solanum lycopersicum). Se seleccionaron cuatro aislados (SM2, Ch1-5, Ch1-39 y Ch9-16) que presentaron síntomas más pronunciados de infectividad, como podredumbre blanda y necrosis, los cuales, se secuenciaron e identificaron las siguientes especies: Pectobacterium aroidearum (SM2), Mixta gaviniae (Ch1-5), Klebsiella pneumoniae (Ch1-39) y Pseudomonas psychrotolerans (Ch9-16), las cuales han sido reportadas anteriormente como bacterias fitopatógenas. Este estudio demuestra la importancia de la detección de bacterias fitopatógenas y su análisis genético a través de la detección de genes de resistencia a antibióticos y virulencia, así mismo revela la necesidad de continuar monitoreando este producto para prevenir la dispersión de bacterias potencialmente patógenas y disminuir riesgos ambientales.