A nivel mundial, las autoridades sanitarias han resaltado la necesidad de mejorar los sistemas de vigilancia epidemiológica de Salmonella; especialmente en países en vías de desarrollo, donde la vigilancia del patógeno es escasa o nula. Para atender esta demanda, en el presente trabajo se desarrolló una herramienta molecular para la rápida y eficaz identificación de serotipos de S. enterica. A través de análisis genómicos comparativos (n = 548 genomas secuenciados) se demostró que la amplificación, secuenciación y análisis filogenético del gen atpD permite la serotipificación molecular de aislamientos de S. enterica. La importancia de esta herramienta molecular se demostró en un estudio de prevalencia y diversidad de serotipos de S. enterica en granjas, rastros y puntos de venta de carne de pollo en algunos estados del país. La prevalencia del patógeno en granjas, plantas de procesamiento y puntos de venta fue de 27.0%, 32.3% y 21.4%, respectivamente. En general, los serotipos más prevalentes fueron Enteritidis (47.8%, 121/253), seguido de Typhimimurium (16.2%, 41/253), AnatumSaintpaul (8.7%, 22/253), Montevideo (4.3%, 11/253), Infantis (3.6%, 9/253), Choleraesuis (3.6%, 9/253), Tennsessee-Agona (2.8%, 7/253), Muenster (2.4%, 6/253), Newport (2.0%, 5/253), Senftenberg (2.0%, 5/253) y otros (6.8%, 17/253). La alta prevalencia de Enteritidis y Typhimimurium también ha sido reportada en productos cárnicos avícolas de países europeos y EE.UU., lo que indica que estos dos serotipos se han adaptado exitosamente en la industria avícola a nivel mundial. La implementación de las herramientas desarrolladas en el presente trabajo permitirá generar una base de datos genética de los serotipos endémicos en México; información indispensable como marco de referencia para establecer programas sanitarios de prevención y control de S. enterica.