Título :	Estudio de la diversidad de la microbiota asociada con Enteropatía Epizoótica en conejos Nueva Zelanda suplementados con fibra soluble
Autor(es):	Xiao-Haitzi Daniel Puón Peláez
Palabras clave:	Conejos Microbita Enteropatía
Área:	CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA
Fecha de publicación :	1-mar-2021
Facultad:	Facultad de Ciencias Naturales
Programa académico:	Doctorado en Ciencias Biológicas
Resumen:	La enteropatía epizoótica del conejo (EEC) afecta gazapos de entre 3 y 7 semanas de vida, provocando diarrea con presencia de moco traslúcido, distención abdominal y muerte. En México, representa el 32% de los padecimientos digestivos en producciones cunícolas. La etiología exacta de la enfermedad no esta completamente descrita y como única alternativa para su control se utilizan los antibióticosEl presente trabajo tuvo como finalidad identificar los microorganismos relacionados con la enfermedad y evaluar la inclusión de fibra detergente neutro (31 y 36%, FDN) como alternativa para controlar la EEC. Por lo cual, se realizaron dos experimentos in vivo. En ambos experimentos se realizó un análisis metataxonómico de muestras de ciego y/o heces mediante la secuenciación de la región V3 y V4 del gen S por medio de la plataforma Illumina MiSeq® System y el análisis bioinformático se realizó utilizando los programas R, QUIME y DADA2 y se analizaron las secuencias mediante un PERMANOVA Adicionalmente, en el primer experimento se determinaron los biomarcadores asociados a EEC mediante un análisis LefSe. Para segundo experimento se evaluaron la presencia de signos y parámetros productos, así como el pH, amonio y ácidos grasos volátiles de cecotrofos. Como resultados, en el experimento 1 se obtuvieron que los índices de diversidad fueron menores en conejos con EEC (P ≤ 0.01) y once biomarcadores fueron identificados en los phyla: Verrucomicrobia, Synergistetes, Bacteroides y Firmicutes en EEC+. Para el experimento dos la EEC tuvo un efecto negativo en parámetros productivos (P ≤ 0.01), y la dieta un efecto positivo (P ≤ 0.05). Los ácidos grasos volátiles debido a un efecto de la dieta (P ≤ 0.05) de la enfermedad (P ≤ 0.01) y de la interacción de la enfermedad con la dieta (P ≤ 0.01). No hubo diferencia en los índices de diversidad, pero si en los índices de abundancia (P ≤ 0.05). Además el análisis de PERMANOVA demostró que se detectaron diferencias en la composición microbiana tanto en heces como en cecotrofos dependiendo del estado de la enfermedad. En conclusión, los organismos asociados a la EEC son los miembros de los phyla Synergistetes, Verrucomicrobia, Bacteroides y Firmicutes, identificando a los géneros A. muciniphila, Clostridium spp. y Cloacibacillus porcorum como altamente asociados a la EEC. Por último, la adición de la fibra en la dieta puede modular la presencia de la EEC, ya que la dieta con 36% de FDN tiene influencia sobre los metabolitos producidos, la microbiota cecal y disminuye los signos de EEC. En conclusión la presentación de la enteropatía epizoótica del conejo se rerlaciona con un aumento en la abundancia de organismos de los géneros A. muciniphila, Clostridium spp. y Cloacibacillus porcorum, así como una disminución en los índices de diversidad
URI:	http://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/2663
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