La flor del cempoalxochitl (Tagetes erecta) es la principal fuente natural para la obtención comercial de xantofilas, principalmente luteína, por lixiviación con hexano. Sin embargo, la eficiencia de su extracción esta condicionada al tratamiento previo dado a la flor. A nivel industrial, la flor del cempoalxochitl es ensilada para depolimerizar los componentes de su pared celular, mediante a la actividad enzimática de la microbiota endógena, y facilitar la transferencia de masa entre el material sólido y el solvente durante la lixiviación. El conocimiento parcial del ensilado de la flor del cempoalxochitl y el alto valor agregado de los componentes que de esta fuente se obtienen dio origen al desarrollo de procesos de pre-tratamiento, basados en enzimas celulolíticas, para incrementar los rendimientos de la extracción. Los resultados de estos estudios son, sin lugar a duda, mejores a los obtenidos por el método tradicional del ensilado. Sin embargo, es probable que el avance en el conocimiento del proceso del ensilado proporcione nuevas alternativas de pre-tratamiento para incrementar la eficiencia de la extracción. Con base a lo anterior, en el presente trabajo se analizó, desde una perspectiva de fermentación en estado sólido, el proceso de ensilado de la flor del cempoalxochitl. Como parte del trabajo, se analizó la microbiota asociada a la flor, se optimizaron las variables en fermentación, se evaluó el extracto enzimático sintetizado por los microorganismos endógenos significativos en el ensilado y se simuló el comportamiento de distribución de xantofilas durante la extracción con hexano. Los resultados muestran a las bacterias Flavobacterium llb, Acinetobacter anitratus y al hongo Rhizopus nigricans con actividad enzimática significativa para depolimerizar los componentes de la pared celular de la flor y se encontró que un inóculo mixto de estos microorganismos en un sistema de fermentación a las condiciones óptimas permiten obtener harinas con un contenido de xantofilas mayor en un 65% en promedio con respecto al valor promedio del ensilado comercial. Las harinas pueden ser lixiviadas con hexano en un sistema a contracorriente de siete etapas y recuperar el 95.7 % de las xantofilas. Así mismo, se encontró que el extracto enzimático sintetizado por estos microorganismos permite obtener harinas con similar concentración de xantofilas comparadas con las obtenidas por métodos de tratamientos enzimáticos a base de enzimas comerciales, con ventajas adicionales con base a costos de proceso al obtener in situ elextracto enzimático y reducir sustancialmente el tiempo de tratamiento hasta en un 95%.