Se estudió la estructura y diversidad genética de tres especies de plantas acuáticas: Eriocaulon bilobatum, Lilaea scilloides y Sagittaria demersa en humedales temporales de Amealco y Huimilpan, Querétaro. Basándose en las características ecológicas y de historia de vida registradas en la literatura para cada especie se plantearon las siguientes hipótesis: Eriocaulon bilobatum tendrá baja diversidad genética, alta endogamia, altos niveles de diferenciación y bajo flujo génico entre poblaciones. En Lilaea scil/oides se esperaba alta diversidad genética, baja endogamia, poca diferenciación genética y alto flujo génico entre poblaciones. Se esperaba que Sagittaria demersa tuviera diversidad genética y endogamia moderada, alta diferenciación genética y bajo flujo génico entre poblaciones. Se colectaron cuarenta individuos por población y se usó la técnica de electroforesis de isoenzimas en geles de almidón para las tres especies, los datos se analizaron con el programa Biosys-1. Para Eriocaulon se estudiaron cuatro poblaciones, encontrándose relativamente alta diversidad genética, A=2.32 (A= número de alelos por locus), P=69.65 (P= porcentaje de loci polimórficos), Ho=0.134 (Ho=heterocigocidad observada) y He= 0.197 (He= heterocigocidad esperada). Endogamia moderada (F15 =0.312). Poca diferenciación genética entre poblaciones (FsT=0.053) y alto flujo génico (Nm=4.46). Para Lilaea se estudiaron doce poblaciones, encontrándose niveles promedio de diversidad genética (A=1. 78, P=36.9, Ho=0.064 y He=0.103). Endogamia moderada (F15 =0.372). Moderada diferenciación genética entre poblaciones (FsT=0.084) y alto flujo génico (Nm=2.72). Para Sagittaria se estudiaron diez poblaciones, encontrándose alta diversidad genética (A=2.73, P=92.7, Ho=0.225 y He=0.371). Endogamia moderada (Frs=0.384). Alta diferenciación genética entre poblaciones (FsT=0.148) y bajo flujo génico (Nm=1.43). Se observó que para las tres especies no se cumplieron varias de las hipótesis planteadas, esto podría deberse a que no se conocen de manera específica otros factores de historia de vida y ecológicos de las especies o a que las hipótesis están basadas en generalizaciones hechas para plantas terrestres habiendo pocos estudios de este tipo para plantas acuáticas.