El objetivo de este trabajo fue construir una categorización que permitiera problematizar el fenómeno de la enajenación marxiana en investigadores de universidades públicas. Se tomó como caso de estudio a la Universidad Autónoma de Querétaro, a través de una propuesta teórica y metodológica sustentada en la aplicación y análisis de entrevistas a profundidad de veintidós investigadores de las facultades de Química, Ciencias Naturales, Enfermería y Filosofía. Se propone una lectura crítica sobre la enajenación del investigador universitario, heterogénea y dinámica, que resulta de la interacción de factores dentro de seis dimensiones: 1) apropiación creativa, 2) autonomía y la actividad productiva, 3) vínculo con los pares, 4) ética comunitaria, 5) centralidad del trabajo y 6) cuidado de sí. Se asume la existencia de diversos procesos enajenantes, no un estado único de enajenación. En el caso de la Universidad Autónoma de Querétaro, las condiciones contractuales, la escasez de recursos materiales, los requerimientos del Sistema Nacional de Investigadores, así como las características personales de los investigadores juegan un rol importante en dinamizar los procesos de enajenación.