Aunque no se conocía la existencia de las bacterias hasta el descubrimiento de Anton von Leeuwenhoek en 1683, su utilización para estimular el crecimiento de las plantas ha sido explotada desde tiempos ancestrales. Para la remediación de suelos, Theophrastus (327-287 AC) sugirió mezclar diferentes muestras de suelo, Hellriegel y Wilfarth investigaron la colonización de la rizosfera en pastos y legumbres, propusieron que las bacterias del suelo tenían la habilidad de convertir el N2 atmosférico en formas asimilables por las plantas (Hellriegel, 1888). Kloepper introdujo el término “rizobacteria” a las bacterias que eran capaces de colonizar la raíz de las plantas, mientras que a las bacterias que eran capaces de estimular el crecimiento y de reducir la incidencia de las muertes de plantas las denominó como bacterias promotoras de crecimiento vegetal (BPCV). Las BPCV pueden definirse como una parte indispensable de la biota de la rizosfera que cuando se desarrollan en asociación con plantas huésped pueden estimular el crecimiento del mismo, en la actualidad se ha impulsado la investigación de los microorganismos del suelo con potencial de promover el crecimiento vegetal debido a que las plantas dan cobijo a la comunidad microbiana en las raíces, exudando compuestos orgánicos e inorgánicos que favorecen a determinadas especies de bacterias. El uso de microorganismos podría ser una alternativa en su uso en suelos de climas secos debido a que en condiciones de poca humedad los cultivos necesitan realizar cambios en su metabolismo para contrarrestar el estrés sufrido por la poca disponibilidad del agua y la simbiosis que llegan a tener con los microorganismos cobra mayor importancia, ya que entre el 10 y 40% de los carbonos asimilados por la planta son exudados por la raíz y tomados por los microorganismos de la rizósfera, zona que presenta una gran variedad de bacterias que se alimentan de la exudación de compuestos orgánicos procedentes de la raíz y que les sirven como fuente de energía. Estos microorganismos aislados pueden ser utilizados como bio-fertilizantes en la producción sustentable de cultivos; dándole especial importancia aquellos nativos o endémicos ya que están adaptadas al medio ambiente local y son más competitivas que las no-nativas. Es por esto que este trabajo tiene como objetivo determinar biomarcadores correspondientes a la interacción de bacterias benéficas con el cultivo de jitomate que se asocian a los mecanismos de defensa bajo estrés biótico (Clavibacter michiganensis) y abiótico (déficit hídrico) para su posterior aplicación como un bioinoculante de precisión.