En este trabajo se presenta el desarrollo de un sistema de automatización integral para sistemas acuícolas. Se consideran dos aspectos principales; El primero es relacionado con el diseño de un sistema de recirculación para acuicultura (RAS), construido con materiales de bajo costo y fácil acceso en la región como arena, grava, PVC y carbón activado. El RAS fue probado en un ciclo de producción de Tilapia (Oreochromis niloticus) con duración de siete meses, el seguimiento de la producción en el experimento fue desarrollado de acuerdo a las buenas prácticas para el manejo de especies acuícolas presentadas en la literatura y que son ampliamente conocidas por los investigadores y productores del área. El segundo atiende las necesidades de tecnología en el sector acuícola del Estado de Querétaro y México, ya que actualmente las tecnologías que hay comerciales son de alto costo. Se desarrollaron tres sistemas de automatización identificados como Sistemas de Automatización Acuícola V1.0, V2.0 y V3.0; las diferencias entre dichos sistemas radica en las plataformas usadas para su desarrollo (PC,ZigBee, microcontroladores con interfaz a internet y FPGA), con esto se aporta en el desarrollo de tecnología en México. Otra diferencia importante es la técnica de control integrada en los sistemas. Estas técnicas van desde control por tiempos,ON/OFF y la aportación del trabajo es la aplicación de la lógica difusa para la implementación de controladores nuevos, innovadores y funcionales. Los resultados obtenidos en la producción fueron menores en 8.5%, sin embargo la producción fue con 35% menos de inversión. En cuanto al uso del agua se logró un ahorro del 95% del total, comparado con sistemas que no tienen RAS y de un29% en sistemas de usan RAS convencionales. Los sistemas de automatización desarrollados con un soporte de investigación científica, se les determino que su precio puede ser un 40% menor, además de ser sistemas desarrollados para la región, por lo tanto tienen potencial para su comercialización en México y pueden ser fácilmente configurados para otras regiones.