El poleo verde, Clinopodium mexicanum, es una especie nativa de México, perteneciente a la familia Lamiaceae, con demanda en los mercados locales por sus propiedades medicinales. No se encontró información sobre su cultivo, por lo que el presente estudio tiene como objetivo elaborar un protocolo de germinación que contribuya al conocimiento de esta especie para su manejo, cultivo, comercialización y conservación. Se colectaron muestras en dos poblaciones silvestres del estado de Querétaro. Se llevó a cabo la caracterización morfológica de sus frutos y semillas, se evaluó el porcentaje de viabilidad y se llevaron a cabo pruebas de germinación. Se estableció un diseño univariado con tres tratamientos, controlando la temperatura (28, 21 y 15 °C), humedad del sustrato (100%), humedad ambiental (30%) y fotoperiodo (12/12), durante 20 días por tratamiento. Como resultados se determinó que los frutos son núculas de forma cilíndrica, presentan cinco lóbulos con tricomas en el ápice y un anillo de tricomas en el interior. Su cubierta es estriada, con glándulas y se encuentran en tonalidades verdes y cafés. Miden en promedio 1.6 mm de ancho × 6.7 mm de largo y su peso es de 436.5 frutos/g. Las semillas son ovaladas de color café a negro, presentan un conjunto de gránulos blancos en la base y cubiertas reticuladas, miden 0.8 mm de ancho × 1.6 mm de largo y el peso es de 2,686.5 semillas/g. Las semillas de color negro presentaron 100% de viabilidad y las cafés 33%. Se observó que las semillas son quiescentes, fotoblásticas positivas y presentan mixocarpia durante la germinación. El tratamiento a 28 °C, fue el más óptimo para la germinación llegando al 10% en 4.2 días y al 50% en 6.2 días, con un máximo de 93% de germinación en 12 días.