El microbioma es el conjunto de microorganismos y su contenido genético que se encuentran habitando un ambiente determinado. Los miembros del microbioma pueden ser: bacterias, virus, hongos, y protozoarios. El cuerpo humano representa un ecosistema complejo dentro del cual se distinguen diferentes hábitats. Las bacterias son los microorganismos de mayor abundancia y que presentan un mayor potencial en el mantenimiento de estados de salud o el desarrollo de cuadros de enfermedad en el hospedero. Otro grupo importante dentro del microbioma humano son los hongos, sin embargo, las comunidades fúngicas en el cuerpo humano no han sido extensamente estudiadas. En este trabajo mostramos la diversidad de hongos de 3 poblaciones humanas derivado del análisis metagenómico de datos públicos de 3 proyectos de microbiomas humanos: (1) Estadounidenses / HMP: 16 zonas del cuerpo; (2) Europeos / MetaHIT-Eur: tracto gastrointestinal; y (3) Chinos / MetaHIT-Ch: tracto gastrointestinal; haciendo una comparación entre grupos de casos (enfermos) y controles (sanos). Nuestros resultados muestran que en individuos estadounidenses sanos las zonas de la piel y mucosas presentan baja diversidad y se encuentran gobernadas por los géneros Malassezia y Candida, respectivamente. En las 3 poblaciones evaluadas, el tracto gastrointestinal es una zona que presenta elevada diversidad y en donde destacan dos géneros: Enterocytozoon y Saccharomyces. En individuos europeos, al comparar casos (IBD) y controles no se encuentran diferencias a nivel de composición y diversidad de hongos encontrados. Por su parte, en la población de individuos chinos, el grupo de casos (diabetes) muestra mayor abundancia del género Saccharomyces en comparación con el grupo control.