La creciente demanda alimenticia por parte de la población se refleja en el aumento de la intensidad productiva de los sistemas agroalimentarios. Lo cual resulta en impactos relevantes tanto para el ambiente como para los organismos inmersos en este tipo de sistemas. En este sentido, la acuaponia podría contribuir a mitigar los estragos sobre el ambiente, mediante el aprovechamiento integral de los recursos con una mínima liberación de nutrientes y aguas residuales. No obstante, no se cuenta con información sobre como la acuaponia intensiva repercute sobre las variables productivas de las especies involucradas. Por lo anterior, en la presente investigación se evaluó el efecto que el estrés dentro de un cultivo acuapónico intensivo de modalidad escalonada y por lotes, genera sobre las variables fisiológicas de relevancia productiva en Oreochromis niloticus y Solanum lycopersicum. Para determinar dicho efecto se establecieron dos sistemas acuapónicos (uno de modalidad escalonada AE y otro por lotes AL); los cuales fueron valorados frente a dos sistemas acuícolas e hidropónicos convencionales (de modalidad escalonada AHE y por lotes AHL) durante un ciclo de cultivo (180 días) para evaluar los procesos de alimentación, crecimiento y desarrollo; así como el rendimiento y la calidad de los productos generados. En lo concerniente a la alimentación y crecimiento de O. niloticus, el cultivo acuapónico de modalidad escalonada (AE) generó la mayor ganancia de peso y tasa específica de crecimiento. En cuanto al crecimiento y desarrollo de S. lycopersicum, el mejor desempeño se presentó en los sistemas hidropónicos (AHE y AHL). Por su parte, los indicadores de estrés monitoreados en O. niloticus (cortisol y glucosa) sugieren que el cultivo acuaponico por lotes cuenta con menor presencia de factores estresantes; mientras que, los indicadores en S. lycopersicum (catalasa y fenoles totales) respaldan a los sistemas hidropónicos (AHE y AHL) con menores factores de estrés. Finalmente, el mayor rendimiento se obtuvo en los cultivos escalonados (AE y AHE), sistemas que de igual manera comparte la mayor calidad de los productos resultantes.