La enfermedad de Coronavirus 2019 (COVID-19) es un proceso infeccioso causado por el Coronavirus 2 causante del Síndrome Respiratorio Agudo Severo (SARS-CoV-2), que surgió a fines del 2019 y que hasta el momento es una amenaza mundial para la salud pública. Las principales comorbilidades asociadas a la infección son la diabetes, hipertensión, obesidad y el tabaquismo. Se ha reportado que individuos con comorbilidades subyacentes presentan un aumento en la expresión de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ECA2), el receptor de entrada de SARS-CoV-2, por lo tanto, la expresión de ECA2 es un factor importante que influye en la carga viral e infección, sin embargo, estudios publicados han reportado resultados contradictorios. En el presente estudio, se determinó la asociación entre la positividad de SARS-CoV-2 y el umbral de ciclo (CT) de RTqPCR en individuos con comorbilidades. Para el análisis estadístico, se generó una base de datos a partir de un formulario epidemiológico y el CT de la prueba RTqPCR para SARS-CoV-2 procesados en la Unidad de Servicios Clínicos y Diagnóstico Molecular de la Universidad Autónoma de Querétaro en el periodo del 8 de mayo del 2020 al 8 de febrero del 2021. La asociación entre la positividad de SARS-CoV-2 y la presencia de comorbilidades fue débil (RM=1.2; diabetes, RM=1.3; hipertensión, RM=1.2; obesidad, RM=1.4) a excepción del tabaquismo (RM=0.6). De la misma forma, los valores de CT del grupo positivo a SAR-CoV-2 sin comorbilidades con respecto al grupo con comorbilidades, no mostraron una diferencia significativa entre sí (P=0.61). En conclusión, se identificaron asociaciones débiles a la infección por SARS-CoV-2 con las principales comorbilidades que presenta la población mexicana. Se observó que las comorbilidades no influyen en el aumento de la carga viral y disminución del CT de SARS-CoV-2. Seguirán siendo necesarios más estudios para comprender el impacto de las comorbilidades en la infección y complicación de la COVID-19.