Las comunidades bacterianas están estrechamente asociadas con sus hospederos y cambios en la diversidad y abundancia de estas comunidades pueden, por un lado, reflejar la etapa de historia de vida del individuo, y por el otro influir sobre su estado de salud. Se realizó un marco ecológico para caracterizar la composición bacteriana entérica cultivable durante el desarrollo temprano de crías de lobo marino de California, Zalophus californianus, e investigar cambios y asociaciones relacionadas al desarrollo, comportamiento y salud de 19 crías neonatas, 23 crías de dos meses, 7 crías de cinco meses y 4 crías de 12 meses de edad. La diversidad de bacterias entéricas fue significativamente mayor para las crías de dos meses (Kruskal-Wallis 3,75=58.62, p=0.0001) que para el resto de las edades, y la diversidad bacteriana varió entre sexos a los dos (Chi2 1 =14.727; p=1.24X10-04) y a los cinco meses (Chi2 1 =4; p=0.04), siendo mayor en las hembras. También, se encontraron diferencias en la diversidad bacteriana de las crías machos neonatos y de dos meses (Chi2 1 =6.898; p=0.008) y entre crías hembras de dos y cinco meses (Chi2 1 =5.157; p=0.02). Los valores de linfocitos influyeron sobre la presencia de E. coli (ANOVA, X2 1,53=35.906, p=0.01713). La condición corporal y la presencia de adenovirus y rotavirus no determinaron la diversidad de bacterias cultivables. Nuestros resultados sugieren que los cambios en la diversidad bacteriana entérica reflejan cambios en la historia de vida, como la alimentación, aspectos conductuales y, posiblemente, cambios en gastos energéticos y exposición a patógenos. En este sentido, el marco aquí propuesto puede ser útil como herramienta para estudiar la historia de vida temprana de los pinnípedos, además, de que se podrían monitorear e identificar periodos de vulnerabilidad en el estado de salud de las crías.