La pérdida de ecosistemas y su biodiversidad constituyen una de las principales amenazas de la crisis ecológica global, que requiere a cada unidad de planeación ambiental asumir aquellas medidas necesarias para detener y revertir el deterioro en sus ecosistemas y asegurar los servicios ambientales que proveen y que son necesarios para sustentar el desarrollo de cada región. El Valle de San Juan del Río, que constituye el segundo polo de desarrollo para el Estado de Querétaro, no está exento de los síntomas de esta crisis ambiental. Su crecimiento exponencial ha rebasado las capacidades de sus ecosistemas para proveer los insumos que su modelo de desarrollo requiere. Particularmente crítica es la situación asociada a la disponibilidad de los recursos hídricos, cuyos acuíferos están abatidos y muestran perspectivas de su total agotamiento a 30 años. A partir de una perspectiva del manejo integrado de cuencas y del análisis de la Cuenca Alimentadora del Distrito de Riego San Juan del Río como unidad de planeación para la zona sur del Estado de Querétaro, esta investigación propone la creación de un Área Natural Protegida con la suficiente certidumbre jurídica e institucional para permitir la concurrencia de políticas públicas para la conservación de las zonas principales de captación de recursos hídricos en dicha cuenca.