La desnutrición como un desbalance entre los aportes y requerimientos de uno o varios nutrimentos, a la que el organismo responde con un proceso de adaptación, en la medida que esta situación se prolongue en el tiempo. La desnutrición está fuertemente ligada a la pobreza y al rezago social. Pinal de Amoles en el Estado de Querétaro es el municipio con mayor porcentaje de su población en pobreza extrema y mayor grado de rezago social. Objetivo: Comparar la prevalencia de Desnutrición Energético Proteínica (DEP) en niños de 3 a 5 años de zonas rural y urbana del Municipio de Pinal Amoles. Metodología: Estudio de tipo descriptivo, cuantitativo, comparativo y transversal; se eligieron 12 localidades del municipio de Pinal de Amoles, 11 localidades rurales y una urbana. Seis de las localidades presentaron un grado de rezago social alto, dos un grado de rezago social medio, dos un grado de rezago social bajo y dos un grado de rezago social muy bajo. La desnutrición se diagnosticó con los indicadores de peso para la edad, talla para la edad y peso para la talla. Se desarrolló un instrumento para la recolección de datos el cuál fue validado en su contenido y constructo. Resultados: Participaron 223 preescolares de los cuales el 48.9% fueron niños. La prevalencia de desnutrición con el indicador de peso para la edad fue de 6.2% en las localidades rurales con rezago social alto, mientras que en localidades rurales con rezago social medio 8.9%, rezago social bajo 0.0% y rezago social muy bajo 0.0%. La prevalencia de desnutrición con el indicador de talla para la edad fue de 34.4% en las localidades rurales con rezago social alto, con rezago social medio fue de 15.5%, rezago social bajo y rezago social muy bajo fue de 0.0%. Los puntajes obtenidos con el instrumento de recolección de datos aplicado a los preescolares correlacionaron signifivativamente con el indicador de talla para la edad (r=0.299; p<0.05) y el rezago social (r=-0.376; p<0.05). Conclusión: La prevalencia de desnutrición es más alta en las localidades rurales y aumenta conforme aumenta el grado de rezago social.