La babesiosis bovina es una enfermedad transmitida por uno de los artrópodos más importante del mundo, la garrapata. Las especies prevalentes de babesia son: Babesia bovis y Babesia bigemina, ambas se encuentran distribuidas en regiones tropicales y subtropicales. La anaplasmosis de los bovinos es una enfermedad infecciosa no contagiosa que afecta principalmente a animales adultos. En México se presentan brotes severos, ya sea por babesia o por anaplasma. Por lo tanto, el objetivo principal de este trabajo fue identificar, medir y conocer la distribución de la babesiosis y la anaplasmosis en tres sistemas de producción de leche en México e identificar los principales factores de riesgo asociados a la prevalencia. En el presente estudio se utilizó un diseño de muestreo estratificado bi-etápico, considerando que la población de ganado lechero está ubicada en cuencas, cada una de ellas fue considerada como un estrato y se seleccionaron de manera aleatoria. Las cuencas consideradas fueron: en lechería intensiva: La Laguna, entre Durango y Coahuila, Delicias en Chihuahua, Aguascalientes, Querétaro, Hidalgo y Guanajuato; en lechería familiar: Jalisco y en lechería de doble propósito: Veracruz, Chiapas y Sinaloa. El tamaño de muestra se determinó considerando una población de 2 millones de cabezas de ganado especializado en producción de leche con un margen de error del 1% y un nivel de confianza del 95%, el método de diagnóstico que se utilizó fue la prueba de ELISA. Los resultados indican que la mayor prevalencia de babesiosis y anaplasmosis se encuentra en el sistema de doble propósito, ganadería localizada en zonas tropicales de México (36% y 45% para B. bovis y B. bigemina respectivamente). En cuanto a factores de riesgo, solo el "sistema de producción" estuvo asociado significativamente, con una razón de momios de 41.6 (33.5; 51.6) para el sistema "doble propósito" y 3.9 (3.03; 5.11), para el sistema "familiar",respectivamente. Para anaplasmosis la prevalencia general del presente estudio fue menor, 13%, para el análisis de la anaplasmosis se usó la información de 5356 animales pertenecientes a 181 hatos. Considerando el sistema de producción la menor prevalencia se observó en el sistema intensivo y el familiar (6.5% y 12% respectivamente), en el sistema de doble propósito se observó la prevalencia más alta 22%.