El picudo del algodón Anthonomus grandis es la más importante plaga del algodón en el continente americano. Evidencias históricas y morfológicas indican que su origen es Mesoamericano. En este estudio se llevaron a cabo análisis de variación genética, flujo de genes y filogenia en seis poblaciones de A. grandis de México. Para ello, se secuenció parte del gen Citocromo Oxidasa I (COI). La variación genética, flujo de genes y estructuración de las poblaciones mexicanas fue estimada a través de un análisis de varianza molecular (AMOVA) hecho con las secuencias de 67 individuos. Dicho análisis mostró una alta variabilidad genética en las poblaciones del sur de México las cuales se encuentran sobre hospederas silvestres (Hampea y Cienfuegosia). Se evidencia también una clara estructuración entre las poblaciones del este y oeste de México. El análisis filogenético se llevó a cabo con los haplotipos encontrados y los ya publicados en el GenBank. En el árbol obtenido por máxima parsimonia se obtienen dos clados, los cuales están fuertemente asociados con las regiones este y oeste de América y ambas relacionadas con poblaciones del sur de México. Esas evidencias son congruentes con la hipótesis del origen Mesoamericano de la especie, con una posterior dispersión al noreste y noroeste en México y reciente colonización de algodón cultivado en el sur de Estados Unidos y Sur América.