La mortalidad neonatal mundial representó el 41% de la mortalidad en menores de 5 años en el 2009. A nivel nacional fue el 53.9% de la mortalidad en menores de 5 años de edad en el 2012. OBJETIVO: Determinar las causas de morbilidad y mortalidad de los pacientes que ingresaron a la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales (UCIN) del Hospital de Especialidades del Niño y la Mujer dentro del periodo entre el 01 de marzo del 2012 al 01 de marzo del 2013. MATERIAL Y MÉTODOS: Se realizó un estudio transversal descriptivo. La unidad de análisis fueron los registros de ingresos y egresos hospitalarios de la UCIN en el archivo clínico en el periodo establecido. RESULTADOS: Se incluyeron 243 expedientes clínicos. El promedio de edad materna fue de 24.8 ± 5.5 años, la procedencia materna predominante fue del municipio de Querétaro en 118 casos (48.5%), escolaridad materna más frecuente fue secundaria completa en 77 casos (31.6%). Durante embarazo hubo infección de vías urinarias en 102 casos (41.9%), cervicovaginitis en 73 casos (30%). La incidencia de prematurez fue del 71%. El diagnóstico de ingreso más frecuente fue el síndrome de dificultad respiratoria del recién nacido (SDR) en 45.6%, sepsis bacteriana del recién nacido (32%), asfixia perinatal (14.8%). Los diagnósticos de egreso más frecuentes fueron sepsis bacteriana del recién nacido en 49.3%, Ictericia neonatal en 48.1%, SDR en 43.2%, asfixia perinatal (21.3%), taquipnea transitoria del recién nacido en 19.7%. Hubo 89 fallecimientos (36.6%). El diagnóstico más frecuente fue dificultad respiratoria no especificada en 16 casos (17.9%). La tasa de mortalidad fue de 7.3 por cada 1,000 recién nacidos. CONCLUSIONES: Es alta la incidencia de prematurez por factores infecciones maternas durante el embarazo y sepsis neonatal que predisponen a la mortalidad registrada. Debe enfatizarse en la atención prenatal y control del embarazo en el primer nivel de atención. La tasa de mortalidad neonatal registrada es similar a lo reportado a nivel estatal y nacional, sin embargo las defunciones neonatales dentro de la mortalidad en menores de 5 años ocupa un porcentaje mayor a lo referido la literatura.