En el presente trabajo se propone una metodología para evaluar el Desempeño de centros de investigación. La metodología se sustenta en dos Herramientas matemáticas utilizadas para la toma de decisiones, el Proceso de Jerarquía Analítica (PJA) que es un método multicriterio y el Análisis Envolvente de Datos (AED) utilizado ampliamente para la medición de eficiencias. Para el caso de Estudio que nos ocupa: los principales Centros de Investigación del Agua en México Se consideraron nueve indicadores de desempeño y cuatro instituciones Competidoras. Con éstos se formaron siete criterios y cuatro alternativas, Respectivamente; a los cuales se les aplicó el PJA. Se obtuvo una jerarquización de Los centros de investigación, según su desempeño, en una escala de proporción. Se Analizaron las cifras obtenidas utilizando el AED, obteniendo la evaluación del Desempeño de cada uno. La combinación PJA-AED permitió calcular la eficiencia de Los centros de investigación incorporando juicios de valor subjetivo a una Jerarquización basada en datos objetivos