Las actividades humanas han contribuido en gran medida en la pérdida de hábitats naturales reduciendo su extensión a fragmentos, lo que lleva a la disminución de la diversidad biológica del lugar, afectando los procesos ecológicos del sistema. Evaluar la biodiversidad que albergan estos espacios es de sumo interés, dada la creciente tendencia de expansión de las ciudades y la amenaza a la vida silvestre que esto conlleva. En este trabajo se tomaron como caso de estudio los fragmentos de vegetación ubicados en la periferia de la Ciudad de Santiago de Querétaro, y se evaluó la diversidad de los pequeños roedores que habitan en ellos. Se eligieron cuatro sitios: a) Parque Nacional El Cimatario (PANEC), b) Microcuenca Joaquín Herrera-El Pueblito (MJH-P), c) Zibatá, y d) Mompaní. Los valores de diversidad se calcularon con el método del número efectivo de especies, y se realizó un análisis multiescalar de la diversidad para identificar los niveles espaciales que más influyen en la diversidad. Con un esfuerzo de muestreo de 2,922 noches-trampa, se registraron un total de 14 especies, representados en cinco géneros y dos familias, además del registro de la especie exótica Mus musculus (Muridae). El fragmento más diverso fue PANEC (1D = 8.13), y el menos diverso fue MJH-P (1D = 5.54). El análisis multiescalar de la diversidad determinó que la diversidad beta entre transectos es el factor espacial más influyente en la diversidad de roedores; es decir, a nivel de microhábitat. Los sitios Mompaní, Zibatá y PANEC, fueron similares en riqueza, abundancia y diversidad de especies. El conjunto de estos resultados indican que, a pesar de la cercanía inmediata de los fragmentos con la mancha urbana, la región posee una alta diversidad de pequeños roedores silvestres. El escaso registro de individuos del ratón doméstico, y en general de roedores exóticos, es un indicio de la salud ecológica de los fragmentos de vegetación estudiados. También se demostró que el tamaño de los fragmentos no está necesariamente relacionado con la riqueza y/o diversidad de especies, ya que el sitio de menor tamaño (Mompaní), aportó la misma diversidad que los sitios más grandes. Con este estudio se resalta la importancia de dirigir esfuerzos de conservación a las áreas naturales que aún persisten alrededor de los asentamientos humanos, con el fin de mantener y restaurar el equilibrio de los ecosistemas y que éstos sigan proveyendo los servicios ambientales necesarios para una salud pública ambiental satisfactoria.