En los últimos años se han presentado brotes atípicos de la enfermedad de la bolsa de Fabricio, en el occidente y centro de México, provenientes de gallinas en postura y pollo de engorda. En el presente trabajo se realizó un muestreo en aves entre 1 y 4 semanas de edad donde se hicieron improntas de bolsas de Fabricio, se tomaron 300 muestras de bolsas de Fabricio para su análisis filogenético, el tamaño de muestra fue calculado con el programa Epidat versión 3.1 con un intervalo de confianza del 95%. Los estudios fueron enfocados en el genoma de la IBDV del segmento A fragmento de la VP2 (proteína viral 2) analizados por medio de RT PCR y secuenciación de aminoácidos. Al situarlo en él árbol filogenético, se detectaron cepas variantes de IBDV donde se identificaron cepas parecidas a las denominadas clásicas pero que muestran mutaciones únicas, así mismo cepas parecidas a la Delaware (Del-E) las cuales también presentan mutaciones, dichos cambios se presume podrían hacerlas antigénicamente diferentes. Estos resultados dan las bases para posteriormente realizar pruebas que confirmen si las vacunas comerciales actuales contra la IBDV confieren protección contra cepas variantes o la realización de una nueva vacuna contra IBDV que confiera protección contra dichas cepas.