La implementación de un programa de monitoreo ambiental en un laboratorio de bioseguridad nivel 2 fue evaluado en una industria multinacional de productos cosméticos en el Estado de Querétaro, México. Un total de seis sitios fueron monitoreados en las instalaciones y se recogieron muestras microbiológicas. 19 géneros bacterianos fueron identificados por espectrometría de masas con desorpción y ionización láser por tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS) y por secuencias de ácido desoxirribonucleico ribosomal (rDNA) 16S. Con el fin de determinar la asociación entre géneros bacterianos y la presencia de determinantes de resistencia a antibióticos, nueve antibióticos con diferentes blancos intracelulares fueron probados. Los resultados mostraron que bacterias Gram negativas, tal como Pseudomonas sp. y P. perfectomarina fueron altamente resistentes a todos los antibióticos probados, al igual que las especies Gram positivas, Staphylococcus cohnii y S. xylosus. Estos resultados sugieren fuertemente que las bacterias resistentes a múltiples fármacos deben ser un área de preocupación para este programa de monitoreo ambiental y más esfuerzos son necesarios para comprender los procesos y medidas de gestión de riesgos.