Inversamente al avance logrado en la atención hospitalaria, las infecciones nosocomiales siguen siendo un problema de dimensión considerable en todo el mundo, alterando de manera negativa no solo la salud de la población, sino también generando mayor gasto en el ámbito sanitario, lo cual afecta de manera alarmante al Sistema de Salud. En este sentido, el objetivo de la obra es conocer la frecuencia de patógenos en Instituciones de Salud del estado de Querétaro a través de un estudio transversal y descriptivo con el programa SPSS V20, tanto en superficies vivas e inertes, analizando 168 muestras que se reportaron al Laboratorio Estatal de Salud Pública en el año 2012 y 2013 que son enviadas por protocolo epidemiológico de Instituciones de Salud del estado de Querétaro de las cuales el 47.6% refleja que cerca de la mitad de las mismas resultó con algún patógeno nosocomial, en su mayoría bacterias Gram positivas , cabe recalcar que el microorganismo más frecuente de las muestras de superficies inertes fue la Pseudomona (bacteria de tipo Gram negativo), en tanto en las superficies vivas, específicamente las manos del personal, el agente de mayor incidencia es el Staphylococcus epidermidis, convirtiéndolo en un importante patógeno nosocomial . Parte clave del porque indagar en este tema, más allá del frío esquema de cifras de prevalencia, es darle sentido a la inmensa y por demás compleja variabilidad de agentes, superficies, lugares, e incluso membretes de diversas instituciones, con lo cual queda descubierto la necesidad de unificar procesos, y protocolizar acciones, que de manera asertiva eviten situaciones que se encuentran fuera de visión de acuerdo a conceptos dados por implícitos en un lugar destinado a total asepsia y antisepsia.