El género Profundulus es representativo de la ictiofauna mesoamericana. Actualmente se reconocen seis especies, distribuidas en los grupos punctatus y labialis. El primero compuesto por Profundulus guatemalensis, P. oaxacae y P. punctatus, y el segundo por P. candalarius, P. hildebrandi y P. labialis. El conocimiento sistemático del género Profundulus es escaso y su clasificación se ha modificado a través del tiempo; la separación de las especies resulta difícil debido a su gran variación intra e interpoblacional. Se ha destacado la necesidad de buscar nuevas características morfológicas que avalen las diferencias establecidas, además se sugirió realizar estudios más detallados para reconstruir las relaciones de parentesco. Se evaluaron 11 medidas tradicionales y 21 cruzadas, y 10 piezas óseas con objeto de analizar la variación morfológica y osteológica del género Profundulus, para establecer la identidad taxonómica de las especies y sus relaciones filogenéticas, así como determinar sus posibles implicaciones en la evolución del grupo. El análisis morfométrico reveló tres patrones morfológicos, uno formado por P. candalarius y P. labialis, otro por P. guatemalensis, P. oaxacae y P. punctatus, y por último el representado por P. hildebrandi. La reconstrucción de las formas del cuerpo a partir de las medidas cruzadas corroboró la existencia de tres patrones morfológicos, relacionados con la conducta alimentaria y uso del hábitat. El análisis filogenético demostró que las especies forman dos clados; los previamente reconocidos como grupos punctatus y labialis. La especie que mostró más diferencias morfológicas y osteológicas fue P. hildebrandi, los análisis sugieren que la expresión fenotípica de estas características es resultado de especialización trófica. Las relaciones de similitud coinciden notablemente con las filogenéticas. Las evidencias geográficas, filogenéticas y morfológicas sugieren que la diversificación del grupo tuvo lugar a partir de diversos eventos de vicarianza y ha sido reforzada por procesos ecológicos.