Esta investigación tiene como finalidad determinar el desempeño de los factores o variables que intervienen en la formación por competencias en innovación de los programas de Ingeniería Industrial ofrecidos por las universidades del Valle del Cauca Colombia, y presentar un diagnóstico que permita a las instituciones diseñar un plan y estrategias para mejorar o potenciar las características contenidas en los factores de la formación en innovación, para el logro de profesionales con mayores capacidades para plantear soluciones innovadoras a problemas de la región. La perspectiva de este trabajo es el de analizar el papel fundamental de la universidad en el sistema de innovación, con un enfoque integral poco estudiado (Núñez, 2012). Consistió en diseñar un estudio cuantitativo estadístico para determinar desviaciones típicas, medidas de dispersión y la aplicación del coeficiente de correlación de Pearson, para determinar el nivel desempeño de las variables y las correlaciones entre las características de las variables definidas en el proceso de formación por competencias en innovación. La investigación se realizó en dos fases complementarias. La primera fase, basada en una encuesta a 4 directores de los Programas de Ingeniería Industrial del Valle del Cauca, permitió establecer los factores más importantes en la formación en innovación. La segunda fase profundizó en el desempeño de los factores determinados mediante la aplicación de 56 encuestas a Decanos, Directores de Programa y docentes de Programas de Ingeniería Industrial. Los principales resultados fueron: se considera que en la universidad la adopción de la innovación no ha sido ampliamente comunicada y entendida; se observa como más negativo el hecho de que no se realizan estudios tendientes a determinar el impacto de las competencias en innovación de los egresados; los docentes piensan que cuentan con un nivel medio en la preparación en metodologías de enseñanza de la innovación; se expone que la universidad cuenta medianamente con un proceso para detectar herramientas de aprendizaje innovadoras; se percibe que el estado no demuestra el compromiso fuerte para promover la innovación; los directivos de la universidad comprenden que la innovación puede apoyar o mejorar el modelo educativo propuesto.