El conocimiento es actualmente el factor fundamental para el desarrollo y competitividad de los países, y por tanto del bienestar social. El conocimiento se genera principalmente en los centros de investigación, desarrollo e innovación, (CI+D+I), tanto de universidades como independientes. La inversión en Ciencia y Tecnología en México está muy por debajo de la que realizan países desarrollados e inclusive países con economías similares; el largo período de economía cerrada de México, entre otros factores, favoreció la cultura de importación de equipamiento y tecnología. Los CI+D+I mexicanos y otros países operan en su inmensa mayoría con una estructura funcional como si fuesen organizaciones de producción repetitiva, cuando por naturaleza no lo son, desempeñan tareas originales, únicas, diferentes entre sí. El proceso de generación-aplicación del conocimiento en la vida real se ha vuelto mucho más complejo, demanda respuestas más rápidas, la conformación de grupos de investigación más grandes, multidisciplinarios, y con frecuencia de corte internacional. Considerando que en principio hay en México la capacidad intelectual, factor determinante en los CI+D+I, y que la estructura organizacional con que operan, no corresponde a su esencia, se plantea la necesidad de generar conocimiento sobre formas de organización exitosa a nivel internacional, dimensionada en base a la productividad de los centros, indicador comparable globalmente. En el presente trabajo se estudia la relación de la estructura organizacional, (EO), de centros representativos a nivel nacional e internacional, respecto a su productividad, ya que constituye un indicador claro de la pertinencia de las diferentes formas de estructura. Las organizaciones que han realizado cambios estructurales, en general han adoptado formas de organizaciones mixtas, funcional en la administración y para las áreas técnicas con otros modelos organizacionales. Un alto grado de flexibilidad en la operación y condiciones para trabajar multidisciplinariamente se percibe como necesidad generalizada.Today, knowledge is a key factor for the country development and competitiveness, and in consequence for the social welfare. Knowledge is generated mainly in the research and development institutions, R&D, both in universities and in the independent ones. Investment in R&D in México is far beyond the international standards, not only related to de developed countries, but compared with countries with similar economies. The long period of closed economy of México, among other factors, build up an importation of equipment and knowledge culture. Most of the Mexican R&D institutions work with a functional structure, as if they were continuous production lines, while their output is original, creative, unique and different among them. Nowadays generation and application of knowledge has become more complicated, requires quicker responses with larger groups, multidisciplinary and even internationally integrated teams. Considering that in México there is high intellectual capacity, key factor in the R&D institutions and that the organizational structure with which they work doesn¿t match their nature, there is a need of knowledge generation related with the success organizational forms at international level, configured in the institution¿s productivity indicator which is internationally comparable. The present work deals with the study of the relation between the organizational structure, OS, of representative institutions, both nationals and internationals, related with its productivity, as it constitutes a clear indicator of the different and pertinent shapes of structure. Organizations with renewed OS have taken mix ones; functional for administration, and some others for the technical areas. A high degree of flexibility and multidisciplinary approach to work seems to be a generalized demand.