Los ríos, como sistemas dentro de la cuenca son elementos básicos encargados del balance hidrológico. No obstante, al igual que otros recursos naturales, sufren el impacto erosivo como consecuencia de una mala interacción de sistemas naturales con subsistemas económicos y sociales generados por el hombre. El grado de deterioro que enfrentan es fuertemente acelerado por extracción indiscriminada de recursos pétreos (grava, piedra y arena) que han llevando a una alteración del sistema hídrico. El presente trabajo ofrece un de modelo de rehabilitación en una zona impactada por la actividad extractiva en áreas de inundación y dentro del cauce del río San Marcos de la microcuenca Cruz del Palmar, Municipio de San Miguel de Allende, México. Mediante la rehabilitación física del río, lo que permitirá el subsidio del agua requerida por los humedales que se diseñaran a la par como parte sistema hídrico del río para lograr la estabilidad del mismo. Con lo que se generará una oportunidad de explotación sustentable de los recursos del río a los pobladores ribereños, con la opción a futuro de contar con otra alternativa económica vía turismo de recreación. El modelo parte de la rehabilitación del río bajo la metodología de Rosgen, considerando la relación geomorfológica del valle con el sistema hidrológico como parte integral de la cuenca; posteriormente el diseño de humedales en las cavidades abandonadas después de la extracción, vía toma de datos en campo como indicadores. La importancia del marco social en que se encuadra el estudio es básica, ya que serán los pobladores quienes garanticen la sostenibilidad y estabilidad del sistema hídrico.