La falla al tratamiento antirretroviral en los pacientes con VIH-SIDA es un problema que está aumentando. La detección de mutaciones en el gen de la Transcriptasa Reversa y Proteasa a través de estudios de genotipo en los pacientes con Terapia Antirretroviral Altamente Activa (TARAA) ayuda a disminuir costos y efectos adversos y, aumentan la posibilidad de éxito en una terapia de rescate. Objetivos. Identificar con estudios de genotipo, la frecuencia de resistencia a fármacos antirretrovirales y sus mutaciones en pacientes con falla a tratamiento del Hospital General de Querétaro. Material y métodos. Se realizó un estudio transversal, longitudinal prospectivo. Se identificaron pacientes con falla al tratamiento (carga viral RNA/mL mayor de 400 copias después de 24 semanas de tratamiento) del 1. De enero al 31 de diciembre 2006. Se excluyeron a los pacientes con mal apego o enfermedades oportunistas. El análisis estadístico se realizó en SPSS, con estadística descriptiva. Las mutaciones se analizaron con las IAS (Internacional AIDS Society-USA) y opinión de expertos. Resultados. Se incluyeron 22 pacientes, 19 hombres y 3 mujeres, la media de edad fue 37.2 años, la media de copias del VIH-RNA fue de 58,872 copias/ml. Se encontró una frecuencia de resistencia a fármacos antirretrovirales de 12.8%. Veinte pacientes (90%) mostraron mutaciones asociadas a resistencia por lo menos a un fármaco antirretroviral, 30% en el gen de la transcriptasa reversa, 45% a ITRAN e IP, y 25% a los tres grupos. Las mutaciones encontradas para ITRAN fueron la M41L (55%), D67N (55%) K70R(50%), T215F/Y (75%), M184V(55%), K219E/Q (35%) L74V (15%) y la T69N (10%). Para ITRNN la L100I y K103N (15% respectivamente), la Y188L (10%) y A98G (5%) y Para el gen de la Proteasa la I54V (30%), V82A/F/S/T (20%) D30N(20%), L90M (40%), M46I (35%), también la A71I/T/V, (65%) L10I/F (50%), L63P (70%) V3I (20%), R277K (20%) y V77I (25%). Conclusión. Los estudios de genotipo ayudan a un diseño más racional y personalizado de la terapia antiviral con el fin de obtener mayor éxito en el tratamiento de rescate.