La cuenca del río Santiago, en la Mesa Central de México, es una de las regiones con mayor diversidad íctica en Norteamérica, pero ha sido poco estudiada y fuertemente degradada por las descargas residuales sin tratamiento de grandes centros de población y zonas de desarrollo agropecuario e industrial. En el análisis histórico de la calidad del agua se observó que los parámetros asociados al deterioro fueron la demanda bioquímica y química de oxígeno y la incapacidad del río de asimilar grandes cargas orgánicas, por lo que en su recorrido se mantuvieron concentraciones altas de éstos parámetros y de nutrimentos (nitrógeno y fósforo). De la comunidad íctica, se analizaron 1082 registros de peces provenientes de 132 localidades, de bases de datos nacionales e internacionales, determinándose 44 especies, 13 endémicas de la región Lerma-Chapala-Santiago, 22 nativas de México y 9 introducidas. En las subcuencas del Santiago y Verde se registraron especies con datos únicos (13 y 5 respectivamente). Con base en el desarrollo hidráulico, se delimitaron tres etapas, una hasta 1970, otra de 1971 a 2000 y la última de 2001 a 2006. En la primera están representadas 33 especies, 32 en la segunda y 25 en la tercera. Por su abundancia relativa, 6 taxa representaron 71% de las colectas y 22 tuvieron una amplitud de distribución entre 5 y 36%. Como consecuencia de la degradación ambiental y fragmentación de las corrientes por presas, aparentemente se han extirpado ocho especies, 17 se encuentran en situación de riesgo, cuatro de ellas son consideradas sensibles y muestran reducción de su abundancia y amplitud de distribución. Los parámetros que han influenciado la distribución de especies han sido el nitrógeno amoniacal, nitratos, conductividad específica, fósforo total, turbidez y oxígeno disuelto. En conjunto hay una disminución de las especies nativas y endémicas, y un incremento de las introducidas, principalmente en los ríos Santiago y Verde. Por sus condiciones de conservación y posible presencia de poblaciones aisladas, se propone que los ríos Huaynamota y Bolaños sean objeto de un seguimiento continuo que conduzca a su preservación como áreas representativas de la comunidad íctica de la cuenca