La pandemia COVID-19 ha expuesto la desigualdad de ingresos, alimentación y nutrición en el mundo, y ha afectado la Seguridad Alimentaria (SA). Por lo tanto, el objetivo de este estudio es evaluar los cambios en la Inseguridad Alimentaria (IA) y la dieta antes y durante pandemia de COVID-19 en un grupo de niños de una zona urbana del municipio de Querétaro, México. Un total de 67 niños (9.5 ± 1.51 años) participaron en este estudio longitudinal. La IA y la dieta se midieron en persona, antes de la pandemia de COVID-19 (diciembre de 2019) y por teléfono, después de la pandemia de COVID-19 (marzo de 2021). Se utilizó la Escala Latinoamericana y Caribeña de Seguridad Alimentaria (ELCSA) para evaluar la IA, mientras que la dieta se evaluó mediante un cuestionario de frecuencia de alimentos previamente validado. Las diferencias en la IA y dieta se analizaron utilizando las pruebas de McNemar y t-student, respectivamente. Un poco más de la mitad de los niños que participaron en el estudio eran hombre (52.2%). La IA aumentó del 44.8% en diciembre de 2019 al 56.7% en marzo de 2021. El 22.4% de los hogares pasó de seguridad alimentaria a IA. La IA moderada aumentó durante la pandemia de COVID-19 en comparación con los niveles anteriores a la pandemia (<0.05). Los cambios en la dieta incluyeron una diminución en el consumo diario de verduras, leguminosas, lácteos, carnes, embutidos, grasas, azúcares y bebidas altas en calorías (p<0.05). Como conclusión, la pandemia de COVID-19 y las medidas de confinamiento afectaron la dieta de los niños y aumentaron la IA. Nuestros hallazgos resaltan la necesidad de una mayor inversión en estrategias nutricionales específicas como parte de soluciones multisectoriales para mejorar la alimentación y la inseguridad alimentaria durante y después de crisis.