En años recientes, se han desarrollado diferentes estrategias basadas en RNAs con potencial interferente para el control de plagas y enfermedades en plantas. Estas moléculas de RNA resultan interferentes y específicos para algunos organismos que, al interactuar con las plantas tratadas, resultan intoxicados o reducen su capacidad de reproducirse. Sin embargo, poco se ha estudiado sobre el potencial para silenciar genes endógenos de la planta tratada. En este trabajo se utilizó el mecanismo de silenciamiento postranscripcional mediado por miRNAs para generar una base de datos de potenciales interacciones que confieren ventajas productivas en plantas de tomate. Utilizando esta información, se diseñó una estrategia de aplicación de RNAs pequeños, en un complejo bicatenario, para el silenciamiento de CTR4sv3, el cual es un gen endógeno de tomate que regula negativamente la síntesis de etileno. Mediante una aplicación inyectada en el fruto maduro verde, se logró el silenciamiento del gen objetivo en 72 h posterior al tratamiento en comparación con el control, lo cual provocó la reducción de 48% de la expresión de CTR4sv3 y se incrementó cuatro veces la sobreexpresión de ACO1, que es un gen importante en la síntesis de etileno en la etapa autocatalítica y que resulta de especial relevancia en frutos climatéricos. Estos resultados indican la posibilidad de usar fenómenos en la naturaleza para diseñar estrategias que agudicen interacciones moleculares específicas sobre circuitos preexistentes, sin necesidad de hacer uso de organismos genéticamente modificados.